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public:f4500

分光蛍光光度計 日立 F-4500

KEKにあるやつだが、なぜかうちにある。

Spec.

あとでだれかかいて。

消耗品

ランプ

  • 標準ランプ (P/N 650-1500)
  • 長寿命ランプ (P/N 250-1600)
    • L2175-01

PMT

解析プログラム

excel to csv 変換

収集したExcelデータをcsv形式に変換する

$ xls2csv input.xls | nkf -w > output.csv
$ # 一括変換 (*.xls -> *.csv)
$ for i in `ls $SRCDIR/*.xls `; do echo $i; CSV=`echo ${i##*/} | sed 's/xls/csv/'`; xls2csv $i | nkf -w >$DSTDIR/$CSV;  done

\$SRCDIR (excel fileのあるディレクトリ), \$DSTDIR (csv fileを出力するディレクトリ)は個々に指定

  • xls2csvでは自動的にUTF-8に変換されるが半角カナが残るためnkfをかましている
  • Excelのcsv保存はShift JISになるかだったかで面倒(できると思うが試していない)

xls2csv, nkfがない場合

パッケージでインストールする

  • debian (Ubuntu?) では xls2csvはcatdocのパッケージにある
# apt-get install nkf catdoc

csvからroot file作成

サンプルコード(最新verson4.01):f4500_v401.tar.gz

src/ でmakeすると、bin/f4500_rootができる。

$ ls csv/*.csv
Y11200-01.csv
$ bin/f4500_root Y11200-01 # root/Y11200-01.rootを作成 (2次元plot(TH2D)Y11200-01とY11200-01Cut(カット条件を入れたもの)と1次元射影(TH1D) Y11200-01_Ex, Y11200-01_Em ができる、)
Title: Y11200-01
Excit: 200-600 Step: 5 Slit: 1 Bin: 81   # 波長範囲、ステップはcsvファイルから読み込んで自動設定
Emit:  200-600 Step: 5 Slit: 1 Bin: 81
$ ls root
Y11200-01.root
$ ls csv/20210813/*.csv
Y11-02.csv
$ mkdir -p root/20210813
$ bin/f4500_root -d 20210813 -l 220:230 -a 240 -c 1.0 -p -x 455 Y11-02 
  # 2次元plot (TH2D: Y11-02)が作られる
  # カット条件は-l -a -c, (-2, -o) で指定。カットした結果が(TH2D: Y11-02Cut)で、
  # このplotの最大値でY11-02はスケールされる
  # Y11-02Cutを各軸に射影したものが (TH1D Y11-02_Ex, Y11-02_Em)
  # -pで最大値の点のslice(発光波長490nmの励起波長分布と励起波長425nmの発光波長分布
  # (Y11-02_Em490, Y11-02_Ex425)をTH1Dで作成される
  # sliceする波長を自分で決める場合は -x 励起波長、 -m 発光波長 で指定 (TH1D Y11-02_Em455)
  #
  # -d subdir : csv, root fileがsub directory にあるときは指定($F4500_BASE/$F4500_[CSV|ROOT]/subdir/filename.[csv|root] にアクセス)
  # 環境変数でファイルの有るディレクトリは変更できる(ver.3より)
  #   F4500_BASE: base directory (default: ./)
  #   F4500_CSV:  csv directory  (default: csv/)
  #   F4500_ROOT: root directory (default: root/)
./csv/20210813/Y11-02.csv
Title:   Y11-02
Excit:   200-600 Step: 5 Slit: 1 Bin: 81
Emit:    200-600 Step: 5 Slit: 1 Bin: 81
Excit1D: 455nm
Excit1D: 425nm
Emit1D:  490nm
$ root -l root/20191014/Y11-02.root
Attaching file ./root/Y11-02.root as _file0...
root [1] _file0->ls()
TFile**		./root/20210813/Y11-02.root
 TFile*		./root/20210813/Y11-02.root
  KEY: TH2D	Y11-02;1	Y11-02                 # 2次元plot
  KEY: TH2D	Y11-02Cut;1	Y11-02Cut              # 2次元plot (cut後)
  KEY: TH1D	Y11-02_Em;1	Y11-02Cut              # Emission 軸への射影   (横軸 Emission)
  KEY: TH1D	Y11-02_Ex;1	Y11-02Cut              # Excitation 軸への射影 (横軸 Excitation)
  KEY: TH1D	Y11-02_Ex455;1	Y11-02_Ex455           # Excitation 455nmのときのEmission分布 (option指定 -x 455)
  KEY: TH1D	Y11-02_Ex425;1	Y11-02_Ex425           # Excitation 455nmのときのEmission分布 (最大値自動生成 -p)
  KEY: TH1D	Y11-02_Em490;1	Y11-02_Em490           # Emission   490nmのときのExcitation分布 (最大値自動生成 -p)

cutの設定についての詳細はこちらの図を参照

macro/ 以下に2次元plotの印刷サンプルがある

$ mkdir pdf/20210813
 
$ root 
root [1] .x ./macro/print2d.cc("Y11-02", "20210813")
# or
$ root -l -q -m 'macro/print2d.cc("Y11-02", "20210813")'
# pdf/20191014/Y11-02_all.pdfを作成(2次元4枚・1次元射影5枚)
 
$ ls pdf/20210813
Y11-02.pdf

y11-02_all.pdf

cutの手法例

f4500_root のオプション設定が大変難しいので、どのようにカットしていくのかの例を以下にあげます。 解析例

public/f4500.txt · 最終更新: 2024/03/07 16:26 by tajima